Năm 1224, ông được phong làm Điện tiền chỉ huy sứ.Hoàng hậu Trần Thị Dung là chị họ của ông, người ta cho rằng từ thời trẻ hai người đã phải lòng nhau, nhưng vì dòng họ mà Trần thị phải lấy vua. Trần Thủ Độ đã ra sức ép buộc Huệ Tông bỏ ngôi lên làm Thái thượng hoàng, nhường ngôi cho Chiêu Thánh công chúa. Năm đó, Chiêu Thánh lên ngôi tức là Lý Chiêu Hoàng, trở thành vị Nữ hoàng đầu tiên và duy nhất trong lịch sử, khi lên ngôi bà chỉ vừa lên 7 tuổi.
Muốn đoạt ngôi hẳn về họ Trần, Trần Thủ Độ tìm cách đưa con của Trần Thừa là Trần Cảnh, mới 8 tuổi, vào hầu Lý Chiêu Hoàng, rồi dàn xếp để Trần Cảnh lấy Lý Chiêu Hoàng và nhường ngôi để chuyển ngai vàng sang họ Trần vào cuối năm 1225. Thượng hoàng Huệ Tông đi tu, Trần Cảnh lên ngôi tức Thái Tông hoàng đế của triều Trần.Nhà Trần thành lập, ông được phong là Thái sư, tước Quốc thượng phụ lo toan mọi việc cho triều đình nhà Trần.
Để củng cố quyền lực nhà Trần, ông đánh dẹp các sứ quân Nguyễn Nộn, Đoàn Thượng bên ngoài, sắp xếp quan lại trong triều. Năm 1232, nhân lúc tông thất nhà Lý về quê ngoại ở làng Hoa Lâm (nay là xã Mai Lâm, huyện Đông Anh, Hà Nội) làm lễ cúng tổ tiên, ông đã làm bẫy sập chôn sống nhiều tôn thất nhà Lý, bắt những người sống sót đổi sang họ Nguyễn và một số họ khác để trừ tuyệt hậu họa.
Sau khi triều Lý bị phế bỏ, Trần Thủ Độ đã lấy Linh Từ quốc mẫu làm vợ, vốn là hoàng hậu của Lý Huệ Tông. Trong việc mưu toan ép buộc Huệ Tông và lập Chiêu Hoàng, cũng như việc sắp đặt Chiêu Hoàng lấy Thái Tông hoàng đế, đều có vai trò rất lớn của ông và Quốc mẫu.
CHỐNG GIẶC MÔNG CỔ
1257, Ngột Lương Hợp Thai dẫn quân xâm phạm Bình Lệ Nguyên. Trần Thái Tông đích thân đốc chiến, thế giặc mạnh, nhà vua lui quân về sông Lô, rồi lui về sông Thiên Mạc. Nhà vua ngự thuyền đến hỏi Thái úy Trần Nhật Hiệu kế sách chống quân Mông Cổ, Nhật Hiệu chấm nước viết chữ lên hai chữ Nhập Tống. Nhà vua lại hỏi quân Tinh Cương, quân do Nhật Hiệu chỉ huy, Nhật Hiệu nói rằng Không gọi được chúng đến. Nhà vua lại dời thuyền đến hỏi Trần Thủ Độ, Thủ Độ trả lời:
“Đầu thần chưa rơi xuống đất, bệ hạ đừng lo" ”
Ngày 24/12/1257, Trần Thái Tông tiến quân đến Đông Bộ Đầu, đánh bại quân Nguyên, khiến đội quân này phải rút chạy về Bắc
P/s: Ngoài ra Trần Thủ Độ là người rất nghiêm minh chính trực, SGK tiếng Việt lớp 5 cũng có 1 bài về Trần Thủ Độ, ai ko nhớ thì mượn sách của em út gì đó coi lại sẽ rõ 
:))